Proses pegauditan kebiasaannya merangkumi beberapa peringkat iaitu; Perancangan, Kerja Lapangan, Laporan Audit dan Audit Susulan. Penglibatan Audit Dalam adalah penting bagi setiap proses pengauditan yang akan dijalankan.
PERANCANGAN
Merupakan peringkat penyediaan Program Audit yang akan disahkan oleh Ketua Bahagian Audit Dalam. Perancangan akan mengambil kira skop dan objektif pemeriksaan yang akan dilakukan serta menilai kawalan dalaman yang sedia ada di Fakulti/Pusat/Jabatan/Bahagian.
KERJA LAPANGAN
Kerja lapangan lebih tertumpu kepada maklumat yang diperolehi dan komunikasi secara formal. Audit Dalam akan menentukan sama ada kawalan dalaman yang dikenal pasti semasa perancangan awal beroperasi dengan betul mengikut tatacara pengurusan yang telah ditetapkan oleh Kerajaan dan Universiti Putra Malaysia.
LAPORAN AUDIT
Merupakan laporan yang disediakan oleh Bahagian Audit Dalam yang menyatakan pendapat audit, membentangkan penemuan audit, dan membincangkan cadangan untuk penambahbaikan oleh Fakulti/Pusat/Jabatan/Bahagian yang terlibat. Laporan audit juga akan dibentangkan di dalam Mesyuarat Jawatan Kuasa Audit.
AUDIT SUSULAN
Audit Dalam akan menjalankan audit susulan terhadap keputusan Jawatan Kuasa Audit bagi mengesahkan penyelesaian penemuan audit di Fakulti/Pusat/Jabatan/Bahagian yang terlibat.